Irgendwann muss der Partikelfilter ausgetauscht werden, bis dahin gibt es jedoch einige Möglichkeiten den Filter zu reinigen und nicht alle Methoden müssen durch professionelle Werkstätten ausgeführt werden. Besonders wirksam sind diese bei offenen Systemen. Schiebt man die Reinigung zu lange auf, kann nicht nur der Filter zu Schaden kommen, sondern auch der Motor. Dann werden aus den Hunderten von Euro für die Reinigung schnell ein paar Tausender.
Es gibt einige professionelle Methoden. Eine die momentan besonders im Kommen ist, ist die thermisch-mechanische Reinigung. Dabei wird der Filter auf 600° Celsius erhitzt und anschließend wieder langsam abgekühlt. Die Asche wird schonend mit Druckluft entfernt. So gereinigte Filter kommen von ihrer Funktionalität an neuwertige Rußpartikelfilter heran. Solch eine Reinigung kann jedoch einige Tage in Anspruch nehmen, da die Reinigungsschritte mehrfach wiederholt werden müssen. Alternativ dazu existiert eine Reinigung mithilfe von Trockenschnee. Diese verspricht noch effektiver und vor allen schneller zu reinigen.
Rein theoretisch ist so eine Reinigung auch im heimischen Backofen durchführbar, davon ist aber extrem abzuraten, da die Gefahr schlicht zu hoch ist, den Filter irreparabel zu beschädigen. Ansonsten sehr beliebt und einfach durchzuführen ist das Freibrennen des Filters. Dies wird auch von VW geraten. Allerdings sollte man diesen Vorgang regelmäßig durchführen. Dafür reicht es in Intervallen kleinere Spritztouren auf der Autobahn zu unternehmen und den Filter zu erhitzen und somit den Ruß zu verbrennen. Um den Effekt zu maximieren, gibt es spezielle Reinigungsflüssigkeiten, wie sie zum Beispiel von der Firma Tunab hergestellt und vertrieben werden. Das Reinigungsmittel muss nach Demontage des Temperatur- und Drucksensors am Auspuff mindestens 5 Sekunden auf den Filter gesprüht werden.